A Casa de Passagem trabalha com várias linhas de ação, de acordo com a especificidade de seus programas. São elas: saúde física (alimentação, vacinação, oficinas de saúde, oficinas de esporte, encaminhamento médico e odontológico à rede pública de saúde, distribuição de material de higiene pessoal), saúde mental (terapia familiar e comunitária, escuta de apoio, grupo operativo e terapia individual), ação sócio-pedagógica (visita familiar e à escola, encaminhamento à matrícula escolar, acompanhamento pedagógico em grupo e individual, visitas a bibliotecas públicas e espaços culturais), ação cultural (oficina de percussão, teatro, dança, arte-cultura, visitas a teatro, cinema e circo), suporte aos grupos de adolescentes, jovens, famílias e mulheres líderes comunitárias na conscientização sobre os direitos das crianças, adolescentes e jovens sobre a política de defesa dos direitos humano, capacitação de lideranças comunitárias, assessoria em projetos comunitários, profissionalização dos adolescentes, jovens e mulheres, levando em consideração sua vocação no mundo do trabalho, protagonismo políticos e social dos jovens e nas comunidades, e ações de advocacy e lobbying.